Esta es una plantilla de access que he generado para gestionar nuestro servicio. El funcionamiento es sencillo, introduzco los datos (PI, Afiliacion, CIF, etc.) de cada usuario en el formulario "fichas" y le asigno un numero de indendificacion (ID) que hago saber al usuario y que pido apunte en las "signing sheets" de los equipos. Luego uso el formulario "registro" para anotar el uso que se ha ido haciendo de los equipos y el nombre e ID del usuario. Finalmente a partir del registro se genera un informe que utiliza el ID de cada usuario para buscar cual es el PI a que corresponde. Como en el registro los datos estan agrupados por PI resulta muy sencillo saber cual ha sido el gasto total de sus investigadores para facturaselo. Cliclando con el boton derecho sobre un campo puedo filtrar los datos. Asi se pueden hacer informes individuales para cada PI que se le pueden remitir junto con la factura mensual para que vea cual ha sido el uso que han realizado sus investigadores.
Al usar un ID en lugar del nombre del usuario como enlace entre las dos bases de datos no se escapa ningun registro por errores de spelling y en caso de error al introducir el ID en el registro, en el informe mensual que enviamos al PI aparecera un investigador que no es de su grupo y en seguida nos reclamara.
Autofluorescencia
Esta herramienta es una macro-tool que he escrito y una vez instalada (aparece un nuevo icono en la barra de herramientas) en imagej nos permite discriminar y eliminar la autofluorescencia. Se basa el el hecho de que la autofluorescencia se detecta en todas las longitudes de onda y aparecera en todos los canales, mientras que la señal de nuestro fluoroforo se restringe a las longitudes de onda de su espectro de emision y por lo tanto solo aparecera en un canal.
Como la intensidad de la autofluorescencia varia con la longitud de onda, esta se normaliza su valor calculando el ratio entre los dos canales con autofluorescencia y para ello es necesario seleccionar una o varias ROI en la imagen en la señal provenga unicamente de la autofluorescencia y añadirlas al ROI manager.
Esta macro-tool funciona con image-stacks. Una vez instalada la macro tool clicamos dos veces y le indicamos cual es el canal donde esta la señal y el canal donde solo hay fluorencencia (el numero de cada canal es el mismo que el que aparece en Color>Channel Tool...), luego al clicar sobre la imagen (despues de seleccionar y añadir las ROI al manager) nos crea una nueva imagen en la que se ha substraido la autoflurescencia.
Esta es otra macro-tool que he escrito. Esta herramienta una vez instalada (aparece un nuevo icono en la barra de herramientas) en imagej nos permite calcular el area total de dos canales por separado y el area de colocalizacion de los mismos. Hoy que indicar el numero de cada canal y el Threshold que se quiere aplicar al mismo. Requiere image-stacks de 512x512 pixeles aunque se puede adaptar a cualquier formato con facilidad. Tenemos que hacer doble-click en la herramienta para seleccionar cada canal y el Threshold del mismo antes de utilizarla sobre nuestra imagen. Aunque es posible utilizar esta herremienta en Z-stacks solo se calcula el area de solapamiento en el plano activo.
ConfocalUniovi ImageJ
Compilación de ImageJ con un menú específico para analizar y procesar imágenes de Microscopía Confocal. Incluye plugings de: lectura de cualquier formato de imagen de microscopía confocal (Leica, Zeiss, Nikon, Olympus ...), visualización 3D, pegado de imágenes "stitching", montaje de imágenes "Magic Montage"... Válido para equipos con Windows XP, Vista , 7 y 8. Nueva Versión 1.51. Incluye:
Pluging para deconvolución 2D y 3D.
Mejoras en el "stitching"
Plugins de análisis de superficies
Plugin para realizar figuras para publicaciones.
Manual "on line" en pdf"
Visualizar canales de un hyperstack.
Poner escala de Intensidades
Borrar overlay
Extraer diferentes series de z en diferentes tiempos
PreclinicaUniovi Fiji.
Compilación del programa Fiji realizada por la Unidad de Microscopía Fotónica y Proceso de Imágenes de la Universidad de Oviedo. con una serie de funciones y plugins orientados
al trabajo con imagen preclínica procedente de equipos de: Resonancia Magnética Nuclear (MR), Scanner de Tomografía Computerizada (CT) y micro-CT) existentes en el laboratorio de Imagen Preclínica de la Universidad de Oviedo, en concreto, las funciones de lectura están programadas para las imágenes generadas por los siguientes equipos:
Resonancia Magnética Nuclear, 3T MRI de MR Solutions
PET-CT, Argus SEDECAL
Micro CT, SkyScan 1174
MetroloJ
Es un plugin para realizar algunos test en los sistemas confocales para verificar su estado.
Al usar un ID en lugar del nombre del usuario como enlace entre las dos bases de datos no se escapa ningun registro por errores de spelling y en caso de error al introducir el ID en el registro, en el informe mensual que enviamos al PI aparecera un investigador que no es de su grupo y en seguida nos reclamara.
Autofluorescencia
Esta herramienta es una macro-tool que he escrito y una vez instalada (aparece un nuevo icono en la barra de herramientas) en imagej nos permite discriminar y eliminar la autofluorescencia. Se basa el el hecho de que la autofluorescencia se detecta en todas las longitudes de onda y aparecera en todos los canales, mientras que la señal de nuestro fluoroforo se restringe a las longitudes de onda de su espectro de emision y por lo tanto solo aparecera en un canal.
Como la intensidad de la autofluorescencia varia con la longitud de onda, esta se normaliza su valor calculando el ratio entre los dos canales con autofluorescencia y para ello es necesario seleccionar una o varias ROI en la imagen en la señal provenga unicamente de la autofluorescencia y añadirlas al ROI manager.
Esta macro-tool funciona con image-stacks. Una vez instalada la macro tool clicamos dos veces y le indicamos cual es el canal donde esta la señal y el canal donde solo hay fluorencencia (el numero de cada canal es el mismo que el que aparece en Color>Channel Tool...), luego al clicar sobre la imagen (despues de seleccionar y añadir las ROI al manager) nos crea una nueva imagen en la que se ha substraido la autoflurescencia.
Esta es otra macro-tool que he escrito. Esta herramienta una vez instalada (aparece un nuevo icono en la barra de herramientas) en imagej nos permite calcular el area total de dos canales por separado y el area de colocalizacion de los mismos. Hoy que indicar el numero de cada canal y el Threshold que se quiere aplicar al mismo. Requiere image-stacks de 512x512 pixeles aunque se puede adaptar a cualquier formato con facilidad. Tenemos que hacer doble-click en la herramienta para seleccionar cada canal y el Threshold del mismo antes de utilizarla sobre nuestra imagen. Aunque es posible utilizar esta herremienta en Z-stacks solo se calcula el area de solapamiento en el plano activo.
ConfocalUniovi ImageJ
Compilación de ImageJ con un menú específico para analizar y procesar imágenes de Microscopía Confocal. Incluye plugings de: lectura de cualquier formato de imagen de microscopía confocal (Leica, Zeiss, Nikon, Olympus ...), visualización 3D, pegado de imágenes "stitching", montaje de imágenes "Magic Montage"...
Válido para equipos con Windows XP, Vista , 7 y 8.
Nueva Versión 1.51. Incluye:
PreclinicaUniovi Fiji.
Compilación del programa Fiji realizada por la Unidad de Microscopía Fotónica y Proceso de Imágenes de la Universidad de Oviedo. con una serie de funciones y plugins orientados
al trabajo con imagen preclínica procedente de equipos de: Resonancia Magnética Nuclear (MR), Scanner de Tomografía Computerizada (CT) y micro-CT) existentes en el laboratorio de Imagen Preclínica de la Universidad de Oviedo, en concreto, las funciones de lectura están programadas para las imágenes generadas por los siguientes equipos:
MetroloJ
Es un plugin para realizar algunos test en los sistemas confocales para verificar su estado.
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